Mặc dù Honda chỉ mới giới thiệu phiên bản đầu tiên của CB650R vào năm 2019 nhưng một số nâng cấp đang được thực hiện cho phiên bản mới vào năm 2021.
Thay đổi lớn nhất là động cơ đã tuân thủ tiêu chuẩn khí thải Euro 5 sắp được áp dụng trên nhiều quốc gia
Giống như người anh em 500cc, các thông số kỹ thuật tổng thể vẫn giống với mẫu xe hiện tại nhưng cấu hình gối cam được thiết kế lại, hệ thống ống xả mới.
Bộ điều khiển trung tâm ECU mới để phù hợp với Euro 5, giảm lượng khí thải ra đồng thời tăng thêm 1 mã lực, nâng công suất lên mức 95 mã lực.
Điều đó có nghĩa rằng Honda sẽ cố gắng giữ cho động cơ gần giống nhất trong khi vẫn tuân thủ các quy định về khí thải ngày đang một chặt chẽ hơn. Khả năng cao những thay đổi động cơ này cũng sẽ áp dụng cho CB650F.
Hệ thống treo của CB650R được nâng cấp với bộ giảm xóc mới với phuộc trước là Showa SFF BP hành trình ngược, sở hữu thiết kế mới với van đẩy và van đàn hồi riêng biệt, điều này giúp chiếc xe cân bằng, giảm xóc tốt hơn. Phuộc sau lò xo trụ đơn có 7 nấc tăng chỉnh.
Bộ phanh dĩa kép ở trước và dĩa đơn ở sau, cả hai đều được trang bị ABS.
Để giải quyết tình trạng bảng điều khiển khó đọc, Honda đã cung cấp cho CB650R một màn hình hiển thị mới với đèn nền âm để cải thiện quan sát tốt hơn.
Đồng thời, Honda cũng thiết kế lại góc nghiêng ghi đông khi tăng 3 độ so với trước, giúp người lái có khả năng di chuyển, vào cua hay thực hiện quay đầu xe một cách linh hoạt hơn.
Hai miếng ốp bên hông bình xăng cũng được làm gọn lại và dè chắn bùn sau có phần kim loại thay vì làm hoàn toàn bằng nhựa như thế hệ trước.
Cụm đèn pha và định vị phía trước dạng LED. Cổng sạc USB-C được đặt dưới yên để sạc điện thoại và các thiết bị điện tử. Chiều cao yên vẫn ở mức dễ chịu là 810mm.
Bốn phiên bản màu mới được Honda đặt tên là: Pearl Smoky Gray, Matt Gunpowder Black Metallic, Candy Chromosphere Red, Matt Jeans Blue Metallic.
Giá bán của CB650R khi về Việt Nam có thể sẽ không thay đổi nhiều, khoảng trên 300 triệu tại cửa hàng.